时空组学 英文,时空组学cellbin是什么概念
3月20日,华大生命科学研究所以专题形式在《GigaScience》和《GigaByte》期刊上发表了时空组学算法工具系列成果。团队致力于开发自动化、模块化的分析单元,实现时空组学数据的快速分析,为时空组学研究人员提供更便捷的数据分析平台,推动时空组学领域的发展。时空组学在许多领域有着广泛的应用,包括但不限于以下方面:
在空间转录组数据分析中,我们之前面临的主要挑战是数据的高水平噪声和稀疏性。蛋白质组学、代谢组学等,更好地了解生物体的生理和病理状态。为全面展示和交流近年来疾病病理学时空组学的研究进展和成果,在西部科学城重庆高新区管委会指导下,西南华大生命科学研究所主办由金峰实验室协办的时空病理学学术交流会将于10月26日10:00-17:00在重庆金峰实验室1号楼三楼学术报告厅举行。
1、时空组学实验室
时间相关性:时空数据中的观察结果通常在时间上与相邻时刻相关。作为时空组学领域的重要推动者,华大基因在2020年发布了自主研发的时空组学技术Stereo-seq。华大时空组学STOmics应运而生,助力生老病死、意识起源、成长万物之源、生命起源等重大科学问题的研究与应用,推动生命科学领域第三次科技革命。
2、时空组学概念解释
除了在华大基因高分辨率、大视场Stereo-seq 数据上展示出色的性能外,该新工具还兼容目前大多数常见空间组学分析平台的数据。目前,团队已建立了三个时空组学分析流程工具,支持时空组学细胞分割、表达谱预处理和下游分析任务。关于华大生命科学研究院时空组学算法团队华大生命科学研究院时空组学算法团队成立于2021年,由来自北京、深圳、塞尔维亚的算法人员组成。
3、时空组学未来
高维:时空数据具有地理坐标和时间维度,因此具有高维的特点。时空组学的数据分析和挖掘面临挑战,需要使用适当的技术和算法。 Stereo-seq的检测分辨率达到500 nm,可以实现单细胞和分子信息的空间定位和检测,还可以对超小组织进行高分辨率检测。
4、时空组学有什么用
全新系列时空算法工具可以有效解决时空组学研究中的数据处理和预处理、细胞类型和空间位置的精确定位、噪声和批次效应的处理以及下游分析等问题,进一步提高研究人员对分析的理解时空组学数据能力也使得分析结果更加准确、全面、可靠,加速科研成果的产出,推动时空组学领域各项研究的深入发展。
华大基因生命科学研究所数字地球研究所特聘科学家钱碧莲表示,STCellbin提供了更好的细胞壁分割结果,也帮助我们节省了大量的时间和人力。